Już po roku strzelił w 26 meczach drużyny Alevin 64 bramki, a gdy miał 15 lat, w 1998, został wybrany najlepszym kadetem w całej Europie, po tym jak wygrał z zespołem Atlético turniej Nike Cup. Dwa lata później został mistrzem Europy U-16, a także najlepszym strzelcem i najlepszym piłkarzem imprezy. 27 maja 2001 roku, w 65 minucie drugoligowego meczu z Leganes, zadebiutował w pierwszej drużynie zastępując Luque. Tydzień później w spotkaniu z Albacete, wszedł w 73 minucie. Niemal natychmiast dwóch zawodników rywali zostało wyrzuconych z boiska za faule na młodzieńcu, a potem Fernando strzelił zwycięskiego gola. W meczu tym zastąpił Kiko.
Zmiana ta okazała się symboliczna, bo Torres w sercach kibiców Atlético Madryt zajął właśnie miejsce tego zawodnika, poprzedniego symbolu klubu. Jeszcze zanim grał w zespole A, dostał ofertę przenosin do Valencii. Atlético miało otrzymać za utalentowanego chłopca dwa miliony euro. Oferta została odrzucona, a z piłkarzem szybko podpisano zawodowy kontrakt.
Fernando Torresowi nie brakuje ambicji. W trakcie poprzedniego sezonu przedłużył do 2008 roku kontrakt z Atlético Madryt (poprzednia umowa obowiązywała do połowy roku 2005), ale zaraz potem zaczął zastanawiać się czy dobrze zrobił. - 20 lat i jeszcze niczego w futbolu nie osiągnąłem, nie zdobyłem żadnego trofeum, nie wystąpiłem w europejskich pucharach - żalił się dziennikarzowi "Don Balona".
Wkrótce spadły na niego dwa ciężkie ciosy. Najpierw Atlético po słabym finiszu w lidze nie zakwalifikowało się do Pucharu UEFA, a w czerwcu reprezentacja Hiszpanii nie wyszła z grupy w finałach Euro 2004 (Torres zagrał we wszystkich trzech meczach, ale tylko w ostatnim w podstawowym składzie). Wcale nie ucieszyło piłkarza, że dzięki temu miał aż 29 dni wakacji. Większość tego czasu spędził opalając się na plażach meksykańskiego kurortu Cancun.
Wkrótce uradowała go wiadomość, że władze Atlético zgłosiły zespół do startu w Pucharze Intertoto. Dostrzegł w tym szansę zaistnienia w Europie, stwierdził w jednym z wywiadów, że tak jak Villarreal w poprzednim sezonie, który również zaczynał od Intertoto, chce dotrzeć ze swoim klubem co najmniej do półfinału Pucharu UEFA. Niebawem, w meczu z OFK Belgrad, strzelił pierwszego gola w europejskich pucharach. Nadzieją na sukcesy z Atlético Madryt była też dla Torresa osoba nowego trenera Colchoneros, Cesare Fernando. Pracujemy inaczej, odnoszę wrażenie, że lepiej niż wcześniej - stwierdził piłkarz.
Dnia 3 lipca 2007 roku F. Torres przeszedł pomyślnie testy medyczne w Liverpoolu , do którego przeszedł z Atlético za 26,5 mln funtów
"El Niño" zadebiutował w spotkaniu towarzyskim z Werderem Brema, wygranym przez Liverpool 3-2. Swoją pierwszą bramkę zdobył kilka dni później w meczu z Shanghai Shenua.
Dnia 19 sierpnia 2007 roku "el Niño" strzelił swoją pierwszą bramkę w meczu Barclays Premier League pomiędzy Liverpool FC a Chelsea FC (1:1).
25 września 2007 roku Fernando strzelił swojego pierwszego hat-tricka dla Liverpool - w Pucharze Ligi przeciwko Reading (4:2).
